In Kantonen mit Grundstückgewinnsteuer sind in der Regel die Einkommenssteuer- und Grundstückgewinnsteuer-Ordnung nicht konzis und lückenlos aufeinander abgestimmt. Man unterscheidet:
- Abgrenzungsschwierigkeiten und
- echte Konflikte.
Abgrenzungsschwierigkeiten treten meistens beim Mitverkauf sog. nichtliegenschaftlicher Werte wie Zugehör, Goodwill, Fahrhabe usw. zu einem unausgeschiedenen Gesamtpreis auf. Es empfiehlt sich, die nichtliegenschaftlichen Werte, die dem Gesamtkauf zugrundegelegt wurden, im Kaufvertrag festzuhalten.
Echte Konflikte der Steuerarten Ertrags- und Grundstückgewinnsteuer bestehen insbesondere bei der wirtschaftlichen Handänderung infolge Übertragung von Beteiligungen an einer Immobiliengesellschaft: Der Verkauf von Aktien (obwohl bewegliches Vermögen) wird hier steuerlich unter Umständen gleich behandelt wie die direkte Übertragung der Liegenschaft. Im interkantonalen Verhältnis hat das Schweizerische Bundesgericht diesen Qualifikationskonflikt zugunsten der Grundstückgewinnsteuer resp. zugunsten des Liegenschaftenkantons entschieden.
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